Specifičnost ove džamije se očituje u nedostatku tipičnih elemenata partera džamije i smještaju džamije na povišenoj platformi koja dominira trgom. O Repovačkoj džamiji u pisanim spomenicima nema niti jednog podataka, pa sve što je napisano o njoj zasnovano je na predanjima i legendama.

Prema predanju, hair-sahibija Repovačke džamije je bio Muhammed (Mehmed)-beg, sin Alijin, poznat kao Hudaverdi Basna. U njegovoj vakufnami zapisano je da je prije njenog sastavljanja 1579. godine “sagradio džamiju u kasabi Konjice”. Treba imati u vidu da se u to vrijeme i kasaba na lijevoj obali Neretve, koja je već 1550/51. godine nosila zvaničan naziv Belgraddžik (Konjic), ali ponegdje i Konjic (Belgraddžik). Prvi rad u kojem su se pojavili neki podaci o bogomoljama na desnoj obali Neretve bio je onaj koji je napisao Alija Nametak još 1939.godine.

Godine 1983. Hivzija Hasandedić je u svom radu o hercegovačkim vakufima i vakifima utvrdio da je Repovačku džamiju 1579.godine sagradio Hudaverdi Mehmed-čauš Bosna i da ovaj potiče iz begovske porodice Repovaca. Za izgradnju minareta koji se nalazi na lijevoj strani od ulaznih vrata, a i za nastanak ove džamije, vezana je jedna legenda. Naime, poslije smrti svoje žene Lejle i kćeri Jasmine, Hudaverdi je naredio neimarima da se minaret izgradi na lijevoj strani, strani srca, u znak ljubavi prema njima.

Repovačka džamija je tokom vremena mjenjala svoju namjenu. U izvornoj funkciji sakralnog karaktera bila je do neposredno pred Drugi svjetski rat. U toku II svjetskog rata služila je kao konjušnica, a nakon rata je postala magacinski prostor u čijoj blizini se nalazila stočna pijaca. Srećom, godine 1990. Repovačka džamija je temeljito obnovljena, izmjenjena krovna konstrukcija i krovni pokrivač novim kamenim pločama, sanirana sofa i šerefi na munari.

U ratnim godinama (1992-1995.) Repovačka džamija je bila djelimično oštećena od artiljerijskog oruđa i oružja, te su ponovo sanirana oštećenja i dodatno podignute sofe ispred džamije, a u sklopu dvorišta urađena je abdesthana.

U septembru 2007.godine Komisija za očuvanje nacionalnih spomenika Bosne i Hercegovine proglasila je Repovačku džamiju nacionalnim spomenikom Bosne i Hercegovine

U maju 2008.godine Komisija za očuvanje nacionalnih spomenika Bosne i Hercegovine je Povijesno područje - Nekropolu sa stećcima Poljice, lokalitet Veliko jezero - proglasila nacionalnim spomenikom Bosne i Hercegovine.